Die Flügel der Prinzessin Sakura, die Prinzessin des Clow Königreichs und Shaolan, ein junger Archäologe mit einer mysteriösen Vergangenheit, sind Kindheitsfreunde und haben eine sehr enge Beziehung. Als Sakura von einer geheimnisvollen Stimme gerufen wird und eine mysteriöse Ruine betritt, verliert sie alle ihre Erinnerungen in Form von Federn und schwebt so in großer Lebensgefahr. Um die Prinzessin zu retten wird Shaolan vom Hohenpriester Yukito in eine andere Dimension geschickt, zur Hexe der Dimensionen. Dort erfährt er von der Hexe, dass er in andere Dimensionen reisen muss und dort die Federn der Prinzessin finden muss, sonst wird sie sterben. Doch Shaolan ist nicht allein er bekommt Gesellschaft von einem Ninja namens Kurogane, der von seiner Prinzessin verbannt wurde, weil er auf seiner Suche nach starken Gegnern unnötig tötete, und einem Magier namens Fay de Flourite, welcher einen mysteriösen König namens Ashura in seiner Welt versiegelt hat und sich daher nicht mehr in dieser Welt aufhalten kann.