Η ιστορία ξεκινάει όταν ο νεαρός Akiyuki και οι δύο φίλοι του οδεύουν προς το σχολείο με το λεωφορείο, όταν ξαφνικά μία έκρηξη τον προκαλεί να μεταμορφωθεί ένα περίεργο είδος τέρατος, τον Xam'd. Καθώς βγαίνει η οργή από τις αναμνήσεις του Xam'd, μία νεαρή και μυστηριώδης κοπέλα ονόματι Nakiami τον ηρεμεί και τον βοηθάει να ελέγξει τις δυνάμεις του και να εναντιωθεί στα όπλα της κυβερνήσεις που σπέρνουν πόλεμο.