Το Fate/Zero λαμβάνει χώρα 10 χρόνια πριν από τα γεγονότα του Fate/Stay Night, προσδιορίζοντας τα γεγονότα του τέταρτου πολέμου για το ιερό δισκοπότηρο στην Fuyuki City. O Οίκος των Einzbern είναι αποφασισμένος να επιτύχει σ' αυτόν τον πόλεμο μετά από τρείς διαδοχικές ήττες με κάθε κόστος. Για τον σκοπό αυτό αυτό, έφεραν στην τάξη τους τον μισητό εκτελεστή μάγων Kiritsugu Emiya. Ως ισχυρότερος αντίπαλος του Kiritsugu εμφανίζεται ο Kotomine Kirei, ένας ιερέας που δε μπορεί να νιώσει το αίσθημα της εκπλήρωσης στη ζωή του. Ο Kiritsugu είναι βαθύτατα διχασμένος ανάμεσα στη νέα του οικογένεια και στα καθήκοντα του για τον τέταρτου πολέμου για το ιερό δισκοπότηρο.