Όταν ήταν μικρός ο Shirou έχασε τους γονείς του σε μία μεγάλη, ανεξέλεγκτη πυρκαγιά. Τότε τον έσωσε και τον υιοθέτησε ένας άντρας που ονομαζόταν Emiya Kiritsugu και αυτοαποκαλείτο μάγος. Από τις συζητήσεις που είχε ο Shirou με τον θετό του πατέρα μαθαίνει την αποτυχία του να γίνει ένας "Ήρωας της δικαιοσύνης", κάποιος που θα μπορεί να προστατεύει τους αθώους και τους αδύναμους. Ευαισθητοποιημένος από τα λόγια του πατέρα του, ο Shirou του υπόσχεται ότι θα κάνει ό,τι μπορεί για να εκπληρώσει αυτή του την επιθυμία. Για να μπορέσει να το κάνε όμως αυτό ο Kiritsugu του μαθαίνει την τέχνη της μαγικής δημιουργίας, αλλά απ' ότι φαίνεται στη συνέχεια ο Shirou δεν έχει ιδιαίτερο ταλέντο σε αυτό. Παρόλα αυτά, μια μέρα που ο Shirou βρισκόταν σε θανάσιμο κίνδυνο καταφέρνει να επικαλεστεί κάποιον για να τον προστατεύσει. Στη συνέχεια μαθαίνει για τον Πολέμου του Ιερού Δισκοπότηρου και εμπλέκεται σε μια σειρά από μάχες μαζί με άλλους 6 Masters. Masters είναι οι Μάγοι που μπορούν να επικαλεστούν Servants, ηρωικά πνεύματα από οποιαδήποτε χρονική περίοδο, για να πολεμήσουν για το Ιερό Δισκοπότηρο που μπορεί να πραγματοποιήσει μία τους επιθυμία. Η ιστορία εξελίσσεται γύρω από τον Shirou και τη συμμετοχή του στον Πόλεμο του Ιερού Δισκοπότηρου, έτσι ώστε να εκπληρώσει τα ιδανικά του και την υπόσχεσή του στον πατέρα του.