日本沈没の機密情報を漏洩した疑いで、田所博士（香川照之）が東京地検特捜部に連行された。国家機密とされていた日本沈没も里城副総理（石橋蓮司）主導のもと、なかったことにされようとしていた。追い討ちをかけるように、著名なジェンキンス教授（モーリー・ロバートソン）も日本沈没を否定。企業の協力も得ることができず、天海（小栗旬）は、窮地に追い込まれる。一方、Dプランズから政府に接触があり、海外の土地購入の話を持ちかけてくる。秘密裏に動くべく、東山総理（仲村トオル）は、その土地の購入を決断。そんな中、天海は椎名（杏）の協力を得ながら、田所を陥れたい人物を特定しつつあった。その人物とは……？そして、すべてが明らかになった時、世界との駆け引きが始まる。果たして、日本人総移民の希望を見出すことができるのか。